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[求助] 想在Linux服务器上跑一个Github上的开源程序,需要一个一个跑

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西门吹雨 发表于 2016-7-25 16:18:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
正在学习生物数据处理,现在需要在Linux服务器上跑一个Github上的一个开源软件,名字叫canu。我现在想用不同的参数去测试这个软件的处理结果,写了个脚本自动化试参数,但是,现在服务器上计算资源不够,师兄说只能一个一个跑,就是一种参数跑完这个程序,接着再是另一个参数,那么我该如何修改我的脚本代码呢? 下面是我的代码:
genomeSize=range(10,16)
errorRate=[0.01,0.02,0.03,0.04,0.05]
cmd='nohup canu -p asm -d asm-auto-%s-%s genomeSize=%sm errorRate=%s -pacbio-raw *fastq &'
for i in genomeSize:
    for j in errorRate:
        mycmd=cmd%(i,j,i,j)
        print mycmd
中间那个cmd命令行就是软件的命令行,求高手解答
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西门吹雨  楼主| 发表于 2016-7-25 16:30:43 | 显示全部楼层
求高手解答,万分感激
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blueelwang 发表于 2016-7-25 16:55:03 | 显示全部楼层
可以使用Popen来执行命令, 它可以设定等待进程结束, 并且获取返回值, 这样你就可以在返回值正确的情况下,进行下一个参数的测试了。
Popen的相关方法:
Popen.poll()
用于检查子进程是否已经结束。设置并返回returncode属性。
Popen.wait()
详细文章请看: http://www.pythontab.com/html/20 ... cheng_0129/940.html
等待子进程结束。设置并返回returncode属性。
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