正则表达式遇上未解之谜 有信心的不妨挑战一下

#-*-encoding:utf-8-*-
import sys
import json
import re


d=dict()
read_count_dict = {}
json_file = file(sys.argv[-1])
json_dict = json.load(json_file)
for x in json_dict['read_groups']:
    for y in json_dict['read_groups'][x]:
        r1 = re.compile(r'^(?!LC).+\d$')
        r2 = re.compile(r'.+(?!-KY)$')
        if y == 'sample'and r1.match(json_dict['read_groups'][x][y]) and r2.match(json_dict['read_groups'][x][y]):
            key = json_dict['read_groups'][x][y]
        elif y == 'index':
            values = ['%03.2i' %(json_dict['read_groups'][x][y])]
        else:
            continue
    if int(json_dict['read_groups'][x]['read_count']) > 1000000:
       d[key]=values
#
for key in d:
    if not(key == 'None')and not (key == 'none'):
        #
        for k in d[key]:
            
            print 'Sample' + "\t" + key + "\t" + k
    else:
        continue
   
####以上是源代码##加入json文件后出现了奇怪的问题：某些尾数为9的条码（此处为index值为089的条码）输出结果不正常，为000
如图1、2所示

图1.png

图2.png

将 有错误的index值89改为81后(图3）

图3.png

，
输出结果又正常了（图4）

图4.png

。
将有错误的index值部分上方的IONXPRESS值更改，也会影响结果。
然而代码中没有提到过这个参数。
试问这是否是语法bug?
有兴趣和信心的可以运行试试。。。。
   

附上供调试的json文件

datasets_basecaller.json (165.8 KB, 下载次数: 6)

2016-8-16 12:53 上传

点击文件名下载附件
json文件


            
        
        
        
        

      

用这段代码:

1. 
   
2. #-*-encoding:utf-8-*-
   
3. import sys
   
4. import json
   
5. import re
   
6. 
   
7. 
   
8. d=dict()
   
9. read_count_dict = {}
   
10. json_file = open(sys.argv[1])
    
11. json_dict = json.load(json_file)
    
12. key = 已取得key = 已取得values = 0
    
13. getValue = "json_dict['read_groups'][x][y]"
    
14. 
    
15. for x in json_dict['read_groups']:
    
16.     for y in json_dict['read_groups'][x]:
    
17.         r1 = re.compile(r'^(?!LC).+\d)    # 行首不是LC
    
18.         r2 = re.compile(r'.+(?!-KY))      # 行尾不是-KY
    
19. 
    
20.         if y == 'sample' and r1.match(eval(getValue)) \
    
21.                          and r2.match(eval(getValue)):
    
22.             # sample项, 且内容满足正则式要求, 则将该内容保存为 key
    
23.             key = eval(getValue)
    
24.             已取得key = 1
    
25.             print("分组:", x, "\t 项目:", y, "\t 项目内容:", eval(getValue))
    
26.         elif y == 'index':
    
27.             # index项, 取其内容保存为 values
    
28.             values = ['%03.2i' %(eval(getValue))]
    
29.             已取得values = 1
    
30.             print("分组:", x, "\t 项目:", y, "\t 项目内容:", values)
    
31.         else:
    
32.             # 否则继续
    
33.             continue
    
34. 
    
35.     if int(json_dict['read_groups'][x]['read_count']) > 1000000:
    
36.         # 若 read_count 项大于 100万, 则将 key 和 values 存入字典
    
37.         # 应首先判断 key 和 values 是否都有值
    
38.         if 已取得key and 已取得values:
    
39.             d[key]=values
    
40.             print("    存入字典:", x, "\t sample:", key, "\t index:", values)
    
41.             已取得key = 已取得values = 0
    
42. 
    
43. #
    
44. for key in d:
    
45.     if not(key == 'None')and not (key == 'none'):
    
46.         #
    
47.         for k in d[key]:
    
48.             print('Sample' + "\t" + key + "\t" + k)
    
49.     else:
    
50.         continue

复制代码

大神都不逛这个论坛的吗，为什么一直没有人留言

whydo1 发表于 2016-9-30 12:11
用这段代码:

{:8_204:}

多谢管理员鼓励!